Pro pomoc v orientaci výsleků z genomického testování uvádím níže přehled základních výsledků a přístup k nim.
Jak se k výsledkům dostat
- Prostřednictvím veřejné databáze CDCB, kterou nalezente zde. Lze vyhledávat jednotlivá zvířata (formát CZE000.........) nebo skupiny zvířat se společným znakem tak, že do pole "Reg Name" vepíšete prefix svých zvířat.
- Jednotlivé pěkné a přehledné katalogové listy zvířat lze najít také na stránce www.stgen.com (vpravo nahoře do pole "Search" je třeba vepsat číslo zvířete (CZE000.........).
- Prostřednictvím klientského portálu Genetic Visions, kde naleznete vždy poslední a aktuální výsledky a stav každé jednotlivé "objednávky" rozborů.
- Zaregistrujete se
- Oznámíte nám email, se kterým jste se registrovali
- Vyčkáte spárování Vašeho uživatelského účtu se svými výsledky
- Prohlížejte výsledky
Výstupy CDCB
Nejpřehlednější informace o každém jednotlivém zvířeti získáte právě prostřednictvím veřejné databáze stgen.com.
Záhlaví: Jméno zvířete, číslo, datum narození.
Dále následuje poslední přepočet plemenných hodnot.
V pravém horním kvartálu naleznete také historii přepočtů PH a lze tak pěkně vidět, jak se v čase PH zvířat mění. Obvykle se snižují, což je dáno jednak jejich zpřesňováním, a také tím, že do databáze neustále přibývají nejmladší jalovičky z celého světa, které jsou samozřejmě geneticky vždy hodnotnější.Jaké plemené hodnoty jsou výsledkem?
Z nejdůležitějších a nejzajímavějších plemenných hodnot jmenujme:
Produkce:
- Mléko = produkce mléka v lb (v evropských zemích je většinou v kg)
- T = produkce mléčného tuku v lb
- T (%) = produkce tuku v %
- B = produkce mléčné bílkoviny v lb
- B (%) = produkce bílkoviny v %
- R = spolehlivost odhadu
Selekční indexy:
- NM$ - ekonomický index, který klade důraz na produkci a fitness
- CHM = Cheese merit = index mlékařský a sýrařský, s ještě vyšším důrazem na produkci a výtěžnost mléka
- TPI = americký selekční index se svýženým důrazem na vyjádření užitkového typu
Telení:
- SCE = sire calving ease = snadnost telení po býkovi
- DCE = daughter calving ease = snadnost telení dcer po býkovi
Exteriér:
- R = spolehlivost odhadu
- PTAT = vyjádření užitkového typu
- UDC = celková kvalita utváření a funkce vemene
- FLC = celková kvalita utváření a funkce končetin
- BCS = body condition score = celková kvalita utváření těla
- TPI
- Z jednotlivých exteriérových znaků vybírám např.:
- Front Teat Placement = rozmístění předních struků
- Rear Teat Placement = rozmístění zadních struků
- Teat Length = délka struků
Markery
Přibližně 1x za měsíc emailem obdržíte výsledky vyšetření markerů testovaných jaloviček.
Nalznete v nich následující výsledky:
- Informace o mléčných bílkovinách (Kapa a Beta kaseiny, Beta laktoglobulin)
- Nositelství letálních faktorů (BLAD, DUMP, CVM, Brachyspina, Citrullinemia)
- Případnou přítomnost alely pro dominantně červené zbarvení (Dominant Red)
- Další letální faktory (FMO3, SDM, SMA)
- Nositelství alely DGAT (geneticky podmíněná zvýšená produkce mléčného tuku)
- HCD - deficience cholesterolu (postižené jalovičky brzy hynou)
- Haplotypy HH1 - HH6 (ovlivňují ranou embryonální mortalitu)
Markery jsou důležitou infomrací zejména pro tvorbu připařovacího plánu, který je musí vhodným způsobem zohlednit. Nositelky letálních faktorů a jiných nevhodných alel je vhodné v chovu postupně eliminovat fyzicky anebo eliminovat alespoň výskyt konkrétních nežádnoucích alel.
Klientský portál Genetic Visions
Klientský portál GV poskytne množství zajímavých dat a grafů, můžete v něm:
- sledovat aktuální stav každé objednávky (skupiny odebraných vzorků odeslaných k testování)
- zobrazit výsledky testování v tabulce za jednotlvé objednávky (skupiny vzorků) nebo za všechny testované jalovičky dohromady
- zobrazit intervalové rozložení exteriérových znaků v celém stádě (upozorní na případné či vhodné šlechtitelské priority)
- pod záložkou "Advanced search" je možno zvolit si pro vás zajímavé plemenné hodnoty a údaje a vybrat si, zda vás zajímají rodokmenové, genomické nebo jejich průnik, zobrazená data pak lze prohlížet, řadit, exportovat do Excelu
Jak na to:
Po přihlášení uvidíte v záhlaví tzv. "Dashboard". Zde vidíte počet vzorků odeslaných k rozboru (Sent), počet vzorků doručených do laboratoře k rozboru (Arrived), počet vzorků odmítnutých (Rejected), aktuální počet nesrovnalostí v původech (Conflict) čekající na opravu a také počet vlastních a již hotových výrobků (Results). Po kliknutí na tento odkaz se Vám všechny zobrazí.
V záhlaví zobrazných výsledů dále můžete zvolit možnost pokročilého vyhledávání (Advanced search), kde si pak můžete volit vlastní selekční kritéria, která Vás zajímají.
Po kliknutí na "Advanced search" si volíte informace o zvířatech, která jsou por Vás zajímavá. Jednak je o identifikační údaje, dále produkční znaky, fitness, typ, fertilita a haplotypy. Kliknete na "Search" a vyčkáte. Dole se Vám posléze zobrazí vybraná data. Tam si můžete měnit pořadí sloupců (uchopením hlavičky a přetažením na místo, kde ho chcete mít), můžete si též libovolně zvířata řadit.Výsledný soubor můžete exportovat do Excelu, kde s ním lze dále pracovat (Export to Excel).
Na úvodní straně pod Dashboardem lze také vidět jednotlivé obejdnávky s datem odeslání, datem doručení do laboratoře a jejich aktuální stav. Po kliknutí na zelenou ikonu "Result" se následně dostanete k výsledkům testování této skupiny vzorků.Po kliknutí na Results u jakékoliv objednávky v záhlaví rozborů uvidíte opět tabulku k filtrování dostupných výsledků. Pokud si v kolonce "Order" zvolíte "All" a v "Chart type" zvolíte "Linear", Genetic Visions Vám zobrazí intervalovou četnost znaků exteriéru všech zvířat, která jste odeslali k testování. To Vás může upozornit na problémy šlechtění jaloviček a na co se případně dále zaměřit ve šlechtění stáda, co korigovat a jakým směrem.
Další informace o strategii šlechtění, využívání sex. ID a genomickém testování a jeho využití v praxi naleznete v naší prezentaci z února 2020. Obecně jsou výsledky genomického testování důležité pro toho, kdo Vám zpracovává připařovací plán, dále pro zpeněžení zvířat, embryí apod. Výsledky obecně ukazují na kvalitu šlechtitelské práce v minulosti.
Další výhodou genomického testování je kontrola původu jaloviček. Ne zřídka se při rozboru v laboratoři zjsití, že reálný původ zvířat (až do třetí generace!) je jiný, než jaký stojí v Plemdatu v české centrální evidenci.
Potřebujete poradit?Máte dotaz k tomuto tématu?
Naši specialisté Vám rádi poradí s reprodukcí, genetikou, šlechtěním i každodenní praxí v chovu skotu.
Kontaktovat specialistu